Στα Μεσολιθικά δείγματα εξακολουθεί η παρουσία άγριων οσπρίων,φρούτων και καρπών και άλλων φυτικών ειδών που είτε εντάσσονταν στο διαιτολόγιο των χρηστών του σπηλαίου είτε χρησιμοποιούνταν σε άλλες δραστηριότητες. Μια σειρά από αρχαιοβοτανικά κατάλοιπα,καμένοι καρποί,όπως άγριο αμύγδαλο,βατόμουρο,τσικουδιά,μπιζέλι κ.ά. ψυχανθή (όσπρια),δίνουν μια εικόνα για την ζωή ανθρώπων του σπηλαίου της Θεόπετρας.
Επίσης πέτρες,διαφόρων μεγεθών,φαίνεται να τοποθετήθηκαν στην είσοδο του σπηλαίου εσκεμμένα προκειμένου να δημιουργήσουν ένα φράγμα ασφαλείας ώστε να εμποδίζεται η είσοδος στο σπήλαιο (προφανώς για τα ζώα).
Με τη μέθοδο της θερμοφωταύγειας η κατασκευή του χρονολογήθηκε στα 22-23.000 πριν… Πρόκειται για σημαντικά στοιχεία πολυετών ερευνών της αρχαιολόγου κ. Νίνας Αποστολίκας –Κυπαρίσση. Ιδιαίτερα σημαντικές πληροφορίες προκύπτουν επίσης από τα αρχαιοβοτανικά κατάλοιπα. Με τη διαδικασία του νεροκόσκινου εντοπίστηκαν στα παλαιολιθικά στρώματα καμένοι καρποί,όπως άγριο αμύγδαλο,βατόμουρο,τσικουδιά,μπιζέλι κ.ά. ψυχανθή (όσπρια) και αγρωστώδη (δημητριακά),ως αποτέλεσμα καρποσυλλογής προς βρώση καθώς και άλλα είδη αγριόχορτων προορισμένων κυρίως για ζωοτροφές, ενώ είναι πολύ πιθανό ότι οι Παλαιολιθικοί ένοικοι του σπηλαίου χρησιμοποιούσαν ακόμη μεγαλύτερη ποικιλία καρπών και φυτών,που δεν επιβίωσαν ώστε να φθάσουν ως εμάς.
Στα Μεσολιθικά δείγματα εξακολουθεί η παρουσία άγριων οσπρίων,φρούτων και καρπών και άλλων φυτικών ειδών που είτε εντάσσονταν στο διαιτολόγιο των χρηστών του σπηλαίου είτε χρησιμοποιούνταν σε άλλες δραστηριότητες.
Η αρχαιοβοτανική αυτή συγκέντρωση προέκυψε, όπως αναφέρει η αρχαιολόγος από τη συστηματική συλλογή 550 περίπου δειγμάτων χώματος στα οποία έγινε η διαδικασία του νεροκόσκινου. Τα φυτικά κατάλοιπα αποτελούν σημαντικούς φορείς πληροφορίας σχετικά με τους δεσμούς και τις αλληλεπιδράσεις του ανθρώπινου είδους με τον πολυδιάστατο κόσμο των φυτών,τις ανθρώπινες επιλογές στη διαχείριση του χλωριδικού περιβάλλοντος, τις στρατηγικές επιβίωσης και οικονομικής οργάνωσης μιας ομάδας.
Και όπως γίνεται αντιληπτό,το αρχαιοβοτανικό υλικό της Θεόπετρας λόγω της παλαιότητάς του,καθώς είναι το αρχαιότερο που προέρχεται από αρχαιολογικές ανασκαφές στον ελλαδικό χώρο,συνιστά ένα πολύτιμο αρχείο δεδομένων για τη διερεύνηση των πρώιμων σταδίων εκμετάλλευσης του φυτικού κόσμου στον ελληνικό χώρο.Και επιπλέον,αυτό που έχει ιδιαίτερη σημασία από αυτό το υλικό είναι ότι είδη φυτών που στην παλαιολιθική περίοδο τα βρίσκουμε σε άγρια μορφή, στη Νεολιθική τα συναντούμε καλλιεργημένα και αυτό επιβεβαιώνει τη συνέχεια του πολιτισμού στον ίδιο χώρο.
Η ταύτιση των ξυλανθράκων επίσης από δείγματα που συλλέχθηκαν στο σπήλαιο επιβεβαιώνουν,εξηγεί η κ. Κυπαρίσση, μέσω της βλάστησης που αναγνωρίστηκε κατά περιόδους,τις κλιματικές συνθήκες που περιγράφηκαν με τις γεωλογικές αναλύσεις, αλλά και με αναλύσεις γυρεόκοκκων που έχουν γίνει παλαιότερα σε διάφορα σημεία της Ελλάδας και της Θεσσαλίας,δηλ. στεπική βλάστηση σε περιόδους ψυχρού και ξηρού κλίματος, ενώ κλιματικά ήπια ενδιάμεσα επεισόδια χαρακτηρίζονται από πλατύφυλλα φυλλοβόλα.
Λιθοσωρός Tέλος,από τα πρόσφατα ευρήματα με την ευκαιρία των έργων του Γ΄ ΚΠΣ, αξίζει να μνημονευτεί η αποκάλυψη, ακριβώς μπροστά στην είσοδο του σπηλαίου, λιθοσωρού που φαίνεται να καλύπτει όλο το εύρος της εισόδου (υπολείπεται ένα μικρό ακόμη τμήμα ανασκαφής). Οι πέτρες,διαφόρων μεγεθών, φαίνεται να τοποθετήθηκαν εκεί εσκεμμένα προκειμένου να δημιουργήσουν ένα φράγμα ασφαλείας ώστε να εμποδίζεται η είσοδος στο σπήλαιο (προφανώς για τα ζώα). Με τη μέθοδο της θερμοφωταύγειας η κατασκευή του χρονολογήθηκε στα 22-23.000 χρόνια πριν δηλαδή σε εποχή παγετώνων και αυτό είναι ενισχυτικό της άποψης ότι έγινε σκοπίμως για να αποτρέπει τόσο τα ζώα όσο και τα ψυχρά στοιχεία να εισέρχονται από την είσοδο του σπηλαίου στο εσωτερικό του, καταλήγει η ίδια.