Στις 16 Σεπτεμβρίου 1943 μια μικρή γερμανική δύναμη κατά την διάρκεια ανιχνευτικής περιπολίας έφθασε στην Καλαμπάκα.Στην είσοδο της πόλης,εκεί που βρίσκεται το ξενοδοχείο Διβάνη,αντάρτες άρχισαν να πυροβολούν εναντίον τους και μετά απο σύντομη ανταλλαγή πυρών οι Γερμανοί επέστρεψαν στα Τρίκαλα.Οι αντάρτες πριν αναπτυχθούν στα υψώματα ανάμεσα στα μοναστήρια του Αγίου Στεφάνου και Αγίας Τριάδας τοποθέτησαν νάρκες στον δρόμο Καλαμπάκας-Τρικάλων.Την επόμενη οι Γερμανοί επίστρεψαν στην Καλαμπάκα.Τα τρία πρώτα αυτοκίνητα έπεσαν στις νάρκες.Ανάμεσα στους νεκρούς ήταν και ο Διοικητής της Μεραρχίας των SS Θεσσαλίας ο 40χρονος Karl Schumers,τιμημένος με το μετάλλιο του Σταυρού των Ιπποτών και του Γερμανικού Χρυσού Σταυρού.Η γερμανική φάλαγγα έφθασε στην πόλη και πυρπόλησε 60 σπίτια.Ένα μήνα σχεδόν αργότερα μεγάλη γερμανική δύναμη επιστρεφεί στην Καλαμπάκα την 18η Οκτωβρίου 1943.Αφενός να εκδικηθεί για τον θάνατο του διοικητή τους,αφετέρου να να κυνηγήσουν τους αντάρτες.Μιά οβίδα έσκασε στον τρούλο της εκκλησίας του Αγίου Στεφάνου,μία δεύτερη πέρασε ξυστά από το καμπαναριό της εκκλησίας της Παναγίας και έσκασε στο βράχο της Αιας.Μπροστά στην γερμανική δύναμη οι αντάρτες δεν ήταν δυνατόν να αντιδράσουν και σε μικρό χρονικό διάστημα εισήλθαν στην πόλη και άρχισαν να πυρπολούν τα εναπομείναντα από την πρώτη πυρπόληση σπίτια.Από το ολοκαύτωμα διασώθηκαν μόνο τέσσερα κτίρια, σύμφωνα με μαρτυρίες αυτοπτών μαρτύρων.
Όλα τα άλλα καταστράφηκαν ολοσχερώς. Από τον πανέμορφο οικισμό με τα γραφικά πέτρινα δίπατα σπίτια με τα ξύλινα μπαλκόνια και τα παραθυρόφυλλα (1000 περίπου) δεν έμεινε τίποτα.
Μόνο τέσσερα πέντε γλίτωσαν τον πύρινο όλεθρο γιατί φιλοξενούσαν τις κατοχικές αρχές.
Το πρωινό της 19ης Οκτωβρίου,όπως λένε οι μαρτυρίες,η Καλαμπάκα ήταν ένας σωρός από ερείπια και στάχτες και μέσα σ’ αυτά και ανθρώπινες ζωές.